李渊传秦王李世民商议此事，李世民说：“杨文干这小子竟敢做这种狂妄叛逆的勾当，想来他幕府的僚属应当已经将他擒获并杀掉了。如果不是这样，就应当派遣一员将领去讨伐他。”

李渊却说道：“不能这样。杨文干的事情关连着李建成，恐怕响应他的人为数众多。你最好亲自前往，回来以后，我便将你立为太子。我不愿意效法隋文帝去诛杀自己的儿子，届时就把李建成降为蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以后他能够侍奉你，你应该保全他的性命；如果他不肯侍奉你，你要捉拿他也容易啊。”

李世民带领军队出发平叛后，李元吉与后宫嫔妃轮番替李建成求情，中书令封德彝又在外朝设法解救李建成，上表劝说李渊改立太子容易动摇国本，重蹈隋文帝改立杨广之覆辙，只怕天下又将动乱。于是，李渊又改变了初衷，想继续让李建成回长安留守。

李建成也一再声称自己绝对没有指使杨文干造反，否则不会只身前来仁智宫请罪。李渊想来也是，对此便不再见疑，只以他平常充实和发展东宫势力过份了，致使兄弟关系不和睦的过错而责备他。而将罪责推给了东宫幕僚太子中允王圭、左卫率韦挺和天策上将府兵曹参军杜淹（向他告发李建成私运铠甲给杨文干的人就是杜淹曾经的手下，如此此事是否有秦王授意把事情搞大就不言而喻了），将他们一并流放到了巂州。

武德七年（624年）7月21日，杨文干攻陷宁州，驱赶劫掠官吏与百姓出城，占据了百家堡。秦王世民的军队来到宁州以后，杨文干叛军被击溃。杨文干被自己的部下杀死，他的头颅被传送到长安。

宇文颖被李世民所抓，李渊责问宇文颖为何竟与杨文干一起谋反了，宇文颖死口不承认，只说自己是被杨文干挟持了才只得随之行动的。李渊不信，但又审不出任何结果来，或者说杨文干已伏诛，其中又不乏牵涉到他那三个儿子之间的争斗，他也不想深究下去了，只得将宇文颖杀了了事。

杨文干事件，让李建成知道了李世民也在针对他行事。至于宇文颖是否是李元吉送上的神助攻，李建成就真的分辨不了。自此后，李建成除了对李世民更加忌惮之外，还真的有些怨恨起来。他的本意，原来不过想方设法架空李世民所掌握的兵权而已，现在看来，似乎就有点儿互相要命的感觉了！

有人劝李渊说：“突厥之所以屡次侵犯关中地区，是由于我们的人口与财富都集中在长安的缘故。如果烧毁长安，不在这里定都，那么胡人的侵犯便会自然平息下来了。”李渊认为有道理，便派遣中书侍郎宇文士及越过终南山，来到樊州、邓州一带，巡视可以居留的地方，准备迁都到那里去。

太子李建成、齐王李元吉和裴寂都赞成这一策略。萧瑀等人虽然知道不应当如此，却不敢谏阻。

秦王世民却挺身而出，劝谏道：“北方少数民族为祸中原的情况自古就有。陛下凭着圣明英武，创建新王朝，安定中夏，拥有百万精兵，所向无敌，怎么能因有胡人搅扰边境，便连忙迁都来躲避他们，使举国臣民感到羞辱，让后世来讥笑呢?那霍去病不过是汉朝的一员将领，尚且决心消灭匈奴，何况儿臣还愧居藩王之位呢！希望陛下给我几年时间，请让我把绳索套在颉利的脖子上，将他逮到宫阙之下。如果到时候不成功，再迁都也为时不晚。”

李渊听后说道：“说得好。”李建成却说：“当年樊哙打算率领十万兵马在匈奴人中间纵横驰骋结果失败了，秦王的话该不会是和樊哙的相似吧！”

李世民说：“面对的情况各有区别，用兵的方法也不相同。樊哙那小子有什么值得称道的呢！不超过十年，我肯定能够将漠北地区平定下来，并不是凭空妄言啊！”于是，李渊不再迁都。

李建成与嫔妃因而共同诬陷李世民说：“虽然突厥屡次在边疆上为祸，但只要他们得到财物就会撤退。秦王假托抵御突厥的名义，实际上是打算总揽兵权，成就他篡夺帝位的阴谋罢了！”

李渊在京城长安的南面设场围猎，太子李建成、秦王李世民和齐王李元吉都随同前往，高祖命令三个儿子骑马射猎，角逐胜负。

李建成有一匹胡马，膘肥体壮，但是喜欢尥蹶子。李建成将这匹胡马交给李世民说：“这匹马跑得很快，能够越过几丈宽的涧水。二弟善于骑马，骑上它试一试吧。”

李世民骑着这匹胡马追逐野鹿，胡马忽然尥起后蹶，李世民跃身而起，跳到数步以外站稳。胡马站起来以后，李世民再次骑到马身上，这样的情况连续发生了三次。

李世民回过头来对宇文士及说：“他打算借助这匹胡马害我，但人的生死自有命运决定，就凭他们能够伤害到我吗?”

李建成听到此言，乘机教唆与他偷情的嫔妃在李渊耳边诬陷李世民：“秦王自称：上天授命于我，正要让我去做天下的主宰，怎么会白白死去呢！”