木叶52年，猿飞日斩重新坐上了火影的座位，他的眼神中透露着坚定和决心。在宽敞的火影办公室内，气氛格外庄重，因为此次议题关于整个村子的安危——九尾事件。
村子里刚刚举行了一场关于九尾世界的调查报告会，团藏站在众人面前，提出了一个令人震惊的请求：“目前九尾人柱力更适合在根本培养，我会把他培养成强大的兵器以应对未来的战争。”他的语气坚定，仿佛这是解决问题的唯一方法。
猿飞日斩皱眉，他不能接受这样的提议。“这个就不劳你操心了，他应该像其他孩子一样活在阳光下。”他坚决地否决了团藏的建议。
团藏并不气馁，这个本来就是提一嘴能成了自然好不成也无所谓至少下一项决议把握就更大。他指出了九尾事件背后的重重疑点：“九尾曾被写轮眼控制，这是事实。而且，这次事件背后明显有人为因素。”他环顾四周，目光最后落在窗外宇智波一族的方向，“宇智波一族拥有写轮眼，他们自然是最大的嫌疑人。”
此言一出，两位顾问点了点头，毕竟他们两人就属于中间人物，平时可能倒向温和的日斩，危险还是扼杀在摇篮里，这种涉及木叶安危的时候就倒向激进的团藏。
团藏乘胜追击，提出了一个更为激进的建议：“为了村子的安全，我们应该将宇智波一族迁移到村子边缘，进行24小时的严密监视。”
猿飞日斩闻言，脸色一沉：“这样做眼下既没有别的证据，也没有动机，只会引起更强烈的反抗。”他深知宇智波一族的骄傲和尊严，这样的措施无异于将他们推向绝路。
但此时，顾问转侵小春和水户门炎却站在了团藏一边：“团藏的说法有道理，我们不能忽视任何潜在的威胁。”他们以3比1的多数通过了团藏的提议。
团藏露出了胜利的笑容，而猿飞日斩则陷入了沉默。他知道，这个决定将会给村子带来深远的影响，而他自己也将面临更为严峻的挑战。但他也明白，作为火影，他必须为了村子的和平与安定负责，只能希望宇智波一族能够理解了。
会后宇智波一族被逼无奈从村子中心搬离，上班也不方便，更是从高贵的城里人变成了乡巴佬，还被24小时监视，不满已经越来越多。当时九尾之乱时村子不允许宇智波一族帮忙，事后又要求宇智波迁居到村子最边缘，后话则是本就先天情绪激动心眼直的宇智波族人，随着时间推移积怨已经越来越深，执法越来越严厉，通过粗暴的执法表达自己对村子的的不满，集会越来越频繁，策划政变，谋反，干掉火影自己上的言论越来越激烈。
会后团藏得意的看了看猿飞日斩，这也是为数不多的胜利，没有出现你悔我火的对话。
三代火影猿飞日斩的洞察力远超团藏的想象，并没有团藏想的那么天真。当卡卡西向他报告关于木遁忍者出现的情报时，猿飞日斩立即意识到这绝非偶然。这些木遁忍者的出现，很可能与三战前被叫停的某个试验有着千丝万缕的联系，而这个试验，或许正是团藏一直秘密进行的。
猿飞日斩并没有立刻采取行动，而是进行了深入的调查和分析。他利用自己的情报网络，逐渐拼凑出了这个阴谋的全貌。团藏一直在秘密进行这个被叫停的试验，大蛇丸，作为这个被揭露的恐怖试验的负责人，对待生命的态度令人震惊。他不仅对参与试验的无辜者生命漠不关心，甚至在自己的实验中，也将生命视为可消耗的资源，毫无尊重和敬畏之心。大蛇丸用冷酷的眼神观察着这些生命的挣扎和消逝，仿佛这一切都只是他追求科学进步的必经之路。
猿飞日斩不愿相信这样的事实，那个他曾经最看好的弟子在上次战争之后有了严重的心理创伤。几个月后，猿飞日斩决定亲自带队行动。他带着一队暗部忍者组成的队伍，进行了周密的计划和准备。他们悄无声息地走入了秘密实验室，然而，当他进入实验室后，却发现大蛇丸正在进行着令人发指的人体实验，猿飞日斩看着现在的大蛇丸，心中充满了悲痛。不过关键时刻，日斩还是心软了，大蛇丸逃过一劫。
为了弥补自己的心软，于是三代派出暗部继续追捕大蛇丸，但差距实在太大，即使冷酷的卡卡西也被大蛇丸的杀气吓住了还好大蛇丸体力不足没有杀他，不过卡卡西和甲也结下了友谊。大蛇丸叛逃木叶的追捕，并在次年从木叶和土之国的战争里招聘了平民天才药师兜
木叶53年，岩隐与木叶的战争如火如荼地进行着。兜，作为一名出色的间谍，在这个时期发挥了关键的作用。他如同原着中一样，最终杀死了院长，这一行动彻底改变了他的命运。在经历了深深的内心挣扎后，他决定跟随大蛇丸，步入一个全新的世界。
而在三年后，佩恩也完成了他的复仇，成功击杀了半藏，晓组织也从人才市场招聘了绝，角都，蝎等人，处于极度缺人状态。在这样的背景下，大蛇丸打听到了晓，通过让兜卧底蝎的手下引出晓。
大蛇丸看中了佩恩拥有的轮回眼，那是他梦寐以求的力量。大蛇丸决定夺取这股力量，但在佩恩面前他毫无还手之力，他震惊于这股力量的深不可测。为此他打算加入晓组织，筹谋合适的机会再夺取这双眼睛。然而，长门对大蛇丸这种恶棍没有什么好感。他深知大蛇丸的野心和残忍，对他的加入持保留态度。但是，晓组织目前确实缺人缺钱，而且暂时除了赚钱找人没有什么任务需要执行，把大蛇丸这种可能影响到未来计划的家伙还是留在身边看着比较好，所以长门也就没有拒绝大蛇丸的加入。
大蛇丸加入晓组织后，被授予戒指代号空，与蝎组成二人小队。但现在并晓并没有特殊任务，招人赚钱，对于这种无聊得任务不管他还是蝎这两个渴望永恒得存在都不感冒。他利用这个机会暗中观察晓组织的运作和成员的能力，同时也利用晓组织的资源来研究自己的不尸转生。